Per assicurare lo svolgimento delle attività previste dallo statuto e dai programmi, la Federazione si è dotata di una struttura centrale di servizio il cui organigramma funzionale è di seguito descritto. Le prerogative del Vertice federale sono descritte nella sezione Governance.
Il Direttore Generale è nominato dalla Giunta Esecutiva su proposta del Presidente, la sua attività è esclusivamente devoluta a Federmanager e quindi è incompatibile con qualsiasi altro incarico, salvo che la Giunta Esecutiva disponga altrimenti. Esplica inoltre la sua attività alle dirette dipendenze del Presidente per realizzare gli obiettivi e i programmi degli Organi deliberanti, in particolare:
- è il responsabile del personale e dirige e coordina i servizi di Federmanager;
- partecipa, senza voto deliberativo, alle sedute del Congresso, del Consiglio Nazionale e della Giunta Esecutiva e alle trattative sindacali;
- predispone le relazioni tecniche di cui viene incaricato e esprime parere sulla regolarità procedurale delle deliberazioni degli Organi decisionali della federazione;
- per incarico del Presidente può assistere alle Assemblee delle Associazioni, dei Sindacati aderenti e delle Unioni Regionali.